Když se kapitán Colter Stevens (Jake Gyllenhaal) probudí v sedadle příměstského vlaku, netuší, kde se tam vzal. Naproti němu sedí Christina (Michelle Monaghan). Colter ji vidí poprvé v životě, ale Christina ho očividně dobře zná. Colter Stevens zjišťuje, že se probudil v těle jiného člověka. Než se stihne z nastalé situace vzpamatovat, je vlak rozmetán silným výbuchem. V zápětí se Colter se objeví v podivném bunkru izolovaném od okolního světa. Přes obrazovku k němu mluví důstojnice Goodwin (Vera Farminga) a požaduje informace o všem, co právě viděl. Kapitán Colter Stevens se stal součástí náročné mise, jejímž cílem je odhalení útočníka, který má na svědomí výbuch vlaku, v němž se Colter ještě před chvílí nalézal. Atentátník plánuje mnohem větší výbuch přímo v srdci Chicaga a jeho dopadením tak může Colter zachránit tisíce životů. Tato vládní mise je založena na experimentu nazvaném Zdrojový kód, který Colterovi umožňuje na chvíli existovat v paralelní realitě - v těle Seana v chicagském příměstském vlaku. Seanovu identitu může využívat pouze osm minut, má tedy právě osm minut na odhalení bombového útočníka. Zdrojový kód zvládá poslat Coltera do stejného časového úseku vícekrát. Získává tak více času, ale situace se mu může snadno vymknout z rukou…