Svět po 400 letech. Stav jeho populace se vinou zákeřné choroby přiblížil nule. Zbytky lidstva přežívají v opevněném městě Bregna, kterému vládne Rada složená z předních vědců. Ne každému to ale vyhovuje. Elitní nájemná vražedkyně Aeon Flux má zlikvidovat jejich vůdce. Při plnění mise ale odhalí řadu nečekaných překvapení.